Der im romanischen Stil erbauten dreischiffigen Basilika fehlte zunächst der heute so typische Westturm. Stattdessen verfügte das Gebäude über zwei Flankierungstürme seitlich der romanischen Chorapsis. Erst in einer Umbauphase im 12. Jahrhundert erhielt die Kirche den Turm, der dem Gebäude eine neue Abgrenzung nach Westen gab. Nach der Zerstörung des Chores während eines Aufstandes der Siegburger Bürger wurde der Bereich ab 1403 neu errichtet, diesmal in gotischer Bauweise.

1649 wurde die Kirche durch einen Brand zerstört, auf ihren Trümmern entstand ein dem Stil der Zeit entsprechender Barockbau. Geprägt wurde das Gebäude durch eine mächtige Vierung von gleicher Höhe wie das Langhaus. Diesem wurde durch die Abflachung der Spitzbögen des gotischen Chores ein einheitliches Niveau gegeben. Die großen Fenster in der Nord- und Südwand der Vierung machten das Gebäude eine helle und aufstrebende Leichtigkeit. Der Schmuck an den Säulen und Pfeilervorlagen war jedoch recht sparsam und nicht mit der prunkvollen Ausstattung des Barocks im süddeutschen Raum zu vergleichen.

Um die Bedeutung des hl. Anno als großen Kölner Erzbischof und wichtigen Heiligen zu unterstreichen und sein Andenken als Gründer der Abtei auf dem Michaelsberg 1064 mehr in den Fokus der Öffentlichkeit zu rücken, entschied sich das Erzbistum Köln 2015 dazu, eine neue Präsentation der Reliquien zu konzipieren 

Hierfür wurde ein Gestaltungswettbewerb ausgelobt, bei dem der Künstler Brody Neuenschwander mit seinem Entwurf überzeugte. Sein werk vbesteht aus den Lebensdaten Annos sowie Zeilen des Anno-Lieden, das sein Leben und Wirken verherrlicht. 

Der Text wurde aus zwei großformatigen Metallplatten geschnitten, deren Teile gebogen und zu einem hausförmigen Konstrukt von gut zwei Metern Höhe verbunden wurden. In diesem hängt eine rechteckige, vergoldeten Metallkapsel, die Reliquien des 1182 heiliggesprochenen Erzbischofs enthält. 

Betreut wurde das Projekt von Seiten des Erzbistums Köln durch Achim Schmitz, Leiter der Abteilung Bau. 

Der Schrein kann täglich von 8 bis 20 Uhr in der Anno-Kapelle in Sankt Michael besichtigt werden.